深圳海关总辖大鹏海关及蛇口海关，关区号是一致的。（深圳海关关区包括深圳、惠州两市）蛇口集装箱码头与珠江流域和华南沿海各主要港口连为一体，开发支线和驳船运输的条件得天独厚。
今天，蛇口集装箱码头已经成功开发了往返蛇口与珠江三角洲的"珠三角公共驳船快线"，服务范围涵盖黄埔、顺德、江门、中山、珠海、佛山等主要码头。目前蛇口"珠三角快线"驳船经营人有新柏鸿船务有限公司、水陆集运容奇有限公司、广运船务有限公司、厦门鹭丰船务有限公司、浩达船务有限公司等，具体到哪个地区码头要看交通厅船舶批文上驳船公司有没有申请这个服务。
为安全起见，无论是有吊机的驳船，还是自航驳船，如果所装集装箱的总重量超过驳船载重量的百分之八十，蛇口集装箱码头将拒绝装船操作，海事处将会抽查，如果违规操作会有巨额罚款。蛇口港建设分一期工程（蛇口三突堤1#、2#泊位）、二期工程（3#、4#泊位），三期工程也正在规划之中（5#号泊位也已经投入使用）。招商港务也位于蛇口港区，从事港口装卸、货运代理、陆路运输拖运及驳船支线服务业务。SCT码头一直与招商港务在集装箱泊位的使用上互相合作。